基于光学图谱的scaffolding算法研究

主讲人：潘玮华  中国农科院（深圳）农业基因组研究所研究员

时间：2020年11月21日9：30

地点：腾讯会议 226 264 680

举办单位：数理学院

主讲人介绍：潘玮华，中国农科院（深圳）农业基因组研究所研究员。2019年毕业于美国加州大学（河滨分校），获得计算机科学博士学位和统计学硕士学位。2019-2020年在美国卡内基梅隆大学计算机学院计算生物学系担任Lane  Fellow博士后研究员。主要从事基因组学，尤其是基因组序列分析相关的生物信息算法研究。近年来以第一作者在生物信息学顶级会议RECOMB、ISMB和知名期刊Bioinformatics、Journal of Computational Biology等发表研究论文6篇。长期担任生物信息顶级会议和知名期刊审稿人。

内容介绍：基因组scaffolding是de novo基因组组装的重要步骤。针对BioNano光学图谱数据，我们开发了三种用于基因组scaffolding以及其预处理步骤chimeric  contig纠正、组装结果reconciliation的算法工具OMGS、Chimericognizer和Novo&Stitch。其中，Novo&Stitch是第一种基于光学图谱的组装结果reconciliation算法。OMGS是第一种可以综合利用多条光学图谱信息准确进行scaffolding的算法。而Chimericognizer相比于已有的chimeric contig检测方法显著降低了假阳性。